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為了推廣「微菌叢植入術」新醫療技術，以嘉惠更多病人，並助生醫產業未來在這個領域的發展，林口長庚醫院已成立「長庚微菌治療中心」與「微菌銀行」，建立跨領域的團隊，致力進行臨床與轉譯研究。目前微菌叢植入的進行，皆須符合特管辦法進行嚴格的病人與捐贈者篩檢(涵蓋抗藥細菌的篩檢)。只要合乎特管辦法通過的適應症，經過醫師評估及篩選到合適的腸道菌叢捐贈者，就可以執行微菌叢植入術治療以改善腸道菌相的平衡。衛福部107年9月發布「特定醫療技術檢查檢驗醫療儀器施行或使用管理辦法（簡稱特管辦法）」，新增微菌叢植入術治療嚴重或反覆性困難梭菌感染(rCDI)。這項治療技術是透過將健康捐贈者的腸道菌叢，以灌腸、內視鏡或口服膠囊方式植入病人腸道，以恢復其腸道菌相平衡，達到治療效果。目前開放施行適用於反覆性或常規治療無效之困難梭菌感染病人。設置符合標準的微菌純化與保存系統，目前除了以微菌叢植入術治療困難梭菌感染之外，也致力進行臨床與轉譯研究，以期未來可以運用在更多疾病，例如各種腸道疾病、肥胖、代謝症候群、癌症、神經系統疾病等，嘉惠更多的病人。捐贈者需經過嚴格的審核，包括詢問基本資料、潛在疾病等（如：BMI不能太胖，若有發炎性腸道疾病、或一等親中有兩個罹患大腸癌者須排除等）、抽血檢查(不能有法定傳染病，如C肝、AIDS等)、糞便檢驗(不能有抗藥性致病菌，如：大腸桿菌、克雷白氏菌、幽門螺旋桿菌等)。另，捐贈者平時的飲食習慣應與一般人一樣、未服用維他命；若捐贈者平時有吃益生菌，則建議先暫停一周。若受贈者為小孩的話，會先從有相同的飲食習慣的手足、堂（表）兄弟姐妹等來著手尋找合適的捐贈者；若受贈者為成人的話，目前已從大學生著手，來尋找合適的捐贈者。目前微菌銀行會存放3~5個健康捐贈者的糞便；捐贈者需在篩檢通過後一周內捐贈，經過微菌純化（過濾、離心、洗滌）後，需在6小時內植入受贈者體內；或者在純化後可加入甘油，保存在-80度超低溫的微菌銀行裡。醫師建議，少量短期保存，存放時間以半年至一年為限，才能確保微菌的活性。